MBOって、Management by objectives 
と、Management Buyoutの２つの異なる意味があるんでしょうか？

「ＭＢＯ」に二つの異なる意味があるというよりも、本来別々のものの頭文字をとったら、たまたま同じ略語になったって感じでしょうか。日本語での同音異義語みたいなものです。
ITパスポートの範囲外かも知れませんが、情報処理試験関連の略語で同様のものとしては
ＰＬＣ（Product Life CycleとPower Line CommunicationとProgrammable Logic Controller）
ＥＭＳ（Electronics Manufacturing ServiceとExpanded Memory Specification）
ＡＴＭ（Automated Teller MachineとAsynchronous Transfer Mode）
などがあります。