持参のシャープペンシルを使用してしまい、試験官に
「次回からは置いてあるシャープペンシルを使用してください」と注意を受けました。
これは失格または減点になるという事でしょうか？
少し意味深な言葉でしたので、合格基準点は全て越えているのですが不安です。

失格になっている可能性はあります。
筆記用具は備え付けの物を使用が条件ですから不正行為とみなされます。
合格発表みないとわかりませんねこの場合は。
ＣＢＴに限らずＩＰＡの情報処理試験は昨今そのあたりは厳しいので注意事項厳守が必要です。