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合格基準【総合評価点、分野別3項目】を満たしていても不合格になるのはどれくらいの確率なんでしょうか？
今回 総合625  ストラジ625  マネイジメント710  テクノロジ 495でした。

不正が発覚したとかそういう場合だと思います。
普通は合格でしょう。

スレ主さんの質問からの意識がちょっと違うんじゃないかと思います。

「合格基準を満たしていても不合格になる確率」

これじゃ『基準』になりません。（単に目安です）
また『確率』の問題でもないと思いますよ。（相対的なものではないです）

試験によっては、難易度による偏差から「上位何名」で足切りになるもの
もありますけどね。（そういう性質のものではないので）

基準を満たしていれば不合格確率はdanchoさんが仰る通り「０％」です。